Biblioteka i Fonoteka Instytutu Muzykologii UJ posiada w swoich zbiorach 40.480 jednostek inwentarzowych, w tym:
- 15459 książek
- 15897 druków muzycznych
- 8000 dokumentów audiowizualnych:
- 3749 płyt gramofonowych
- 3365 płyt CD (1901 sygnatur)
- 90 płyt DVD
- oraz taśmy magentofonowe, kasety audio i VHS
- 391 mikrofilmów
- 345 tytułów czasopism
W zasobach Biblioteki znajdują się unikalne kolekcje zbiorów specjalnych oraz prace licencjackie i magisterskie napisane w Instytucie Muzykologii UJ od początku istnienia Instytucji.