Biblioteka i Fonoteka Instytutu Muzykologii UJ posiada w swoich zbiorach 40.480 jednostek inwentarzowych, w tym:

• 15459 książek
• 15897 druków muzycznych
• 8000 dokumentów audiowizualnych:
  • 3749 płyt gramofonowych
  • 3365 płyt CD (1901 sygnatur)
  • 90 płyt DVD
  • oraz taśmy magentofonowe, kasety audio i VHS
• 391 mikrofilmów
• 345 tytułów czasopism

W zasobach Biblioteki znajdują się unikalne kolekcje zbiorów specjalnych oraz prace licencjackie i magisterskie napisane w Instytucie Muzykologii UJ od początku istnienia Instytucji.